Naxçıvan Muxtar Respublikasının tarixi Sovetlər Birliyi dövründə lazımi səviyyədə öyrənilməmiş, bir sıra ciddi elmi-nəzəri səhvlərə yol verilmişdir. Ümummilli lider Heydər Əliyevin Azərbaycanda rəhbərliyi dövründə xalqımızın tarixinin, dilinin, ədəbiyyatının, arxeologiya və etnoqrafiyasının, folklorunun və adət-ənənələrinin, milli-mənəvi dəyərlər sisteminin elmi dəlil və konkret faktlar əsasında yenidən araşdırılmasına başlanmışdır.
Azərbaycan alimlərinin diqqətini Naxçıvanın müasir elmi yanaşma baxımından öyrənilməsi vacibliyinə cəlb edən ümummilli lider Heydər Əliyev deyirdi: “Naxçıvanın qədim, zəngin tarixi Azərbaycan tarixinin çox parlaq səhifələrindəndir. Bizim əsas məqsədimiz Naxçıvanın tarixini hərtərəfli öyrənmək, tədqiq etmək, onları elmi və populyar kitablarda dərc etmək, təbliğat materiallarında istifadə etməkdir”.
Bunları nəzərə alaraq, habelə Naxçıvana həsr olunmuş çoxlu sayda kitab, albom, elmi-kütləvi məqalə, qəzet və jurnal materiallarının, sənədli filmlərin, elektron daşıyıcıların qorunub saxlanması, tədqiq və təbliğ olunması məqsədilə Naxçıvan Muxtar Respublikası Ali Məclisi Sədrinin 2011-ci il 17 fevral tarixli 13-04/S nömrəli Sərəncamı ilə Naxçıvan Muxtar Respublikası Ali Məclisinin Naxçıvanşünaslıq Mərkəzi yaradılmışdır.
Mərkəz Naxçıvanşünaslığa dair irsin, xüsusilə Naxçıvan Muxtar Respublikasının tarixi, elmi, ədəbi mühiti, incəsənəti, təbii sərvətləri və mədəniyyətini, habelə Naxçıvanın görkəmli şəxslərinin həyatı və fəaliyyətini öyrənən və təbliğ edən dövlət mədəniyyət müəssisəsidir.
Mərkəzin Əsasnaməsinə əsasən arxivi və fondu ümumi istifadə üçündür. Arxivdən və fonddan onun daxili qaydalarından düzgün istifadə etmək şərti ilə həm Azərbaycan, həm də xarici ölkə vətəndaşları, habelə idarə, müəssisə və təşkilatlar istifadə edə bilərlər.
Naxçıvanşünaslıq irsinin elm, təhsil, mədəniyyət və sair sahələrdə qorunması və inkişaf etdirilməsini təmin etmək, Azərbaycanşünaslığın üzvi tərkib hissəsi olan Naxçıvanşünaslığı tədqiq və təbliğ etmək məqsədilə bu işlə məşğul ola bilən elm və mədəniyyət xadimlərini müvafiq mövzuların işlənilməsinə cəlb etmək və onların elmi fəaliyyətlərinə lazımi şərait yaratmaq Mərkəzin əsas funksiyalarındandır.